Давай думать как это было ,хорошо.., когда я делал мотор дроссельный узел лежал (оставался) у тебя (он для ремонта не нужен)не могла в него попасть вода или грязь именно в нём есть та
механическая деталь которая от нагревания охл.жидкости делает движения и меняет зазоры ,и из-за чего меняются обороты ,это один из вариантов ,если будет воздух в системе охл-я (но ты как говоришь прокачал) может то же влиять на это(пов.обороты) это то же как вариант, и третий вариант это сборка ,контакты,провода, правильность подключения шлангов и т.д чудес не бывает ,снимал было всё нормально поставил и большие обороты стали ,сам мотор не причём это куча железа которая работает на физических и механических законах. У меня был один такой случай ,после установки ДВС не падали прогревочные обороты ,был воздух в верхней точки (дрос.узел)
Вот почитай интересно :
http://silverwing-club.ru/forum/viewtopic.php?f=8&t=566